かぶねこさま、アドバイスありがとうございます。
色々と勉強になります。

>確認しておきたいのですが、現在作成しようとなさっている文書はどういった目
>的でお使いになるのでしょうか。

はい、現在小説を執筆中なのですが、これを後に出力して投稿するつもりです。
なので、ファイルのまま渡すとかWebにアップするというような目的ではないのです。
最終的に、無事に印刷できれば万々歳です。

>また、現在どのコードで編集しているのかを確認するには、ステータスライン
>（横書きなら編集ウィンドウのいちばん上の、１行だけ色が違うところ、縦書き
>なら右端）の末尾近く、４桁の英数文字（これは現在カーソルがある位置のコー
>ド番号です）のあとに、英語小文字が１文字ついていますが、これでいつでも判
>断できます。ここが「s」なら Shift JIS、「u」なら Unicode です。

確認してみたところ、「u」となっておりましたのでUnicodeで保存できてるようです。
でも相変らず字は「?」の表示のままです。
これ以上はどうしようもないのかな……？
漢和辞典で調べてみたところ、旧字体の中でもかなり特殊な部類に入る字のようですので、
最終手段は手書きかな、と覚悟しておきます。