>シフトＪＩＳで文字を入力して、それをユニコードで開くことはできますが、シフトＪＩＳの範囲を超える文字（ユニコード特有の文字）を入力すると、　?　に文字化けしてしまいます。

そういう仕様ですので、現在のバージョンでは回避できません。
ユーザーとしては、目的に応じてエディタを使い分けるしか、
対応方法はないのではないでしょうか。