>以前と同じように設定しても、書式が保存されません。また、ＱＸで書いた原稿がＱＸのアイコンで表示されません。

うちではWindows2000とWindowsXPで使っていますが、特に違いはありません。
設定はどこに保存するようになっていますか。意図した場所にＱＸ本体がなくて、
そのために設定プロファイルが別のものが読み込まれてしまう、ということが
たまにあるようです。すべてのファイルのパスをしっかり確認してみてください。

>そして当然、ＱＸで開くこともできません。（そして旧から新に移行させたＱＸで書いて保存していた原稿ファイルも、アイコンも違うものになってしまい、ＱＸの書式で表示されません）

ＱＸはバイナリでさえ開いてしまうので、「開くことができない」という意味が
わかりません。具体的に書いてください。アイコンが違うものになっているのは、
ＱＸフォルダの setup.exe を実行していないからだと思います。インストールの
手順は README.TXT に記述されています。

>以前はタイトルのあとに必ず「.genkou」と打っていたのですが、バージョンアップされた今ではこれは有効にはならないのでしょうか。

タイトルとは何のことでしょうか。ファイル名ですか。「.genkou」は拡張子の
ことでしょうか。エクスプローラの設定で拡張子の表示がオフになっていないか
確認してみてください。フォルダオプションの表示関係です。