>検索・置換機能を使って二行にまたがる長い文字列を置き換えたいのですが、検索対象となる文字数が限られるようで上手くいきません。

　基本機能の検索・置換を利用するかぎりではかぶねこさんの回答のとおりで
すが、ある程度の不自由をしのげば可能な場合もあるかもしれません。

1.置換文字列が制限内ならば、検索文字列を制限内の適当な正規表現で記述し
て実行する。

2.検索文字列が正規表現や特殊文字を含まず、かつ論理行で一行以内（改行を
含まない）ならば、マクロで一行ずつチェックして置き換える。

# なお、現在開発中のバージョン（非公式）では、各種の文字列長の制限は解
# 消されるか大幅に緩和されると信じています。