>最初に違いが見つかった所には移動するのですが、次の違いの所には移動しないのでしょうか？

カーソル位置から検索して最初に違いの見付かった位置に移動するだけの機能なので、
複数の差違ブロックを連続して検索するようなことはできないと思います。
専用のファイル比較ツールを使用するか、
次の場所にあるテキストファイル比較マクロを試してみてください。

http://homepage2.nifty.com/tm-com/qx.html