>　長年使っていても、保存しておいた共通設定や書式設定のiniファイルを上書き
>しても反映されないのは何故だか分かりません。キー設定iniなどは反映されるの
>ですが。

ini ファイルが使用されるのは、インストール直後の 1 回で、この初回の
起動のときにレジストリに設定が作成され、以後はレジストリの設定が
使われるので、インストール後にいくら ini ファイルを上書きしても設定は
変更されません。

いちおうの概要は http://homepage1.nifty.com/kabuneko/qx/qxintro1.htm
に書きましたので、ごらんになってみてください。また、起動オプションについて
http://homepage1.nifty.com/kabuneko/qx/qxtips.htm#kidou_option
で解説しています。すぐ下の「定義ファイルを指定して起動」も関係ある話題です。

上記の解説で、レジストリを使わず ini ファイルを常に読み込んで QX を
使う方法がだいたいわかるはずですので、お試しください。また、
一度起動オプションで定義ファイルを指定して起動したあと、「共通設定」−
「システム」−「設定保存情報」で「1」を指定してから QX を終了すると
設定内容がレジストリ 1 番に転送されます。

「キー定義ファイル」はレジストリではなく ini ファイルが使用されますので、
いつでもすぐに設定が反映されます。

ユーザーの yook さんの「使い方のヒント」にも参考になる項目がありそうです。
http://0ban.com/yook/honyaku/beginner.html