クリップボード履歴(C)では、連続した改行は一つにまとめられます。そういう仕様です。テキスト履歴(T)を使ってください。QTClipのアイコンを右クリックして「開く(O)」「クリップボード履歴」の窓から、目的の文字列をドラッグして、「テキスト」の窓へ落とします。「クリップボード履歴」に登録した文字列は、連続した改行もそのまま保存されます。再起動してもそのまま。画面上のスラッシュの数で改行の数を確認できます。