>３．履歴をテキストに保存する設定で、異常終了後再起動すると、履歴は最初に起動したときの内容に戻っています。

うーん。それはたしかに異常終了しているかもしれませんね。
QTClip は、すごくタフなアプリで、タスクマネージャから強制終了しても、
履歴はちゃんと保存されます。


>ポップアップメニューが表示されないため　隠れているインジゲーター　で　チェックした時、
>隠れているインジゲーター上　最初は　QTClip　が表示されていて　少ししたら
>隠れているインジゲーター上から　消えるので　異常終了に気が付くのです。

>１．毎回異常終了するのではなく　数十回　使用した時に発生。

Ctrl + Shift + Esc でタスクマネージャを呼び出し、
「プロセス」のタブをひらいて、
QTXTCLIP.EXE をさがしてください。実行中なら名前があるはずです。

QTClip がまた異常終了したら、タスクマネージャを呼び出して、
QTXTCLIP.EXE が「なくなっていること」を確認してください。


>１．エクセル　や　IE　で　ポップアップメニュー　を表示しようとした時にメニューが表示されない

QTClip のポップアップメニューが出ないのは、エクセルと IE を使っている
ときだけですか？
それとも、ほかのアプリを使っているときも出ないのですか？

★ たとえば、メモ帳がアクティブな状態でポップアップメニューが出ますか？

QTClip のホットキーの設定画面で、
「ポップアップメニューを表示する」
の下に
「QTClip をアクティブにする」
というのがありますが、それは設定してありますか？
もし設定してあるなら、そのホットキーを押すと、
「テキスト」
「クリップボード履歴」
の窓がひらきますか？

★くりかえしになりますが、重要なのは、
QTClip のポップアップメニューが出ないのも、異常終了するのも、
エクセルと IE を使っているときだけ
で、
ほかのアプリを使っているときに、そのような症状は出ない
……のか、ということです。そこをはっきりさせてください。