>VisualStudio2005のソースコードエディタ上でコピーすると
>QTClipに取り込まれた履歴の日本語が化けるようです。
>ペーストすると同様に化けてしまっています。

これはVisualStudioの問題で、UTF8のファイルを編集しているときにコピーを行うと、ShiftJISで出力すべき部分をなぜかUTF8で出力しています。
Excelでも「形式を選択して貼り付け」でテキストを選択すると化けます。