>VisualStudio2005のソースコードエディタ上でコピーすると
ソースコードをコピーしたのですよね。文字コードは UTF8 でしょうか？

>QTClipに取り込まれた履歴の日本語が化けるようです。
日本語の部分だけが化けるのですか？

同じ条件でコピーすると、かならず化けますか？
それとも、ときどき？

QTClipを通さず、クリップボードから直に貼りつけれた場合は化けないのですね？