>さっそくですが、先日、テキスト保管に保管したファイルを二つのマシンで共有したくなり、TEXTフォルダをフォルダごと上書きしてしまいました。
>すると、パソコンの起動時に（スタートアップで）QTCLIPが起動される度に、「同じテキストがすでに登録されています」というようなメッセージがでるようになりました。
>実害はないのですが、できればメッセージがでないようにしたいのですが、方法を教えてください。

　おそらく、全く同一の内容のファイルがTEXTフォルダにあるはずなので、それを探してどちらか１つを削除してください。