>本日いつものようにQTClipの履歴を出して使おうと思ったら・・・常時２０〜３０個あった履歴がたった２つになってしまっているんです。

　クリップボード履歴のほうですよね？
　-Wオプションをつけないと以前保存したものは表示されません。

　qtxtclip.exeのあるフォルダに、textというフォルダがあるはずなので、そこを見てください。そこになければ復活は不可能かと思われます。