はじめまして。

私もUltima Onlineでどこでもホイールを使わせてもらっているのですが
しんさんと同じような症状が出ます。

くわしく説明すると、５ボタンマウスの右ボタンにctrlをintellipointで設定して
ctrl+上回転でF12のキー入力をするという設定をどこでもホイールで設定します。
そして右ボタン（←ctrl）+上回転でUOの任意のマクロを発動させると、その後ずっと
ctrlが押しっぱなしになってしまうのです（文字入力が出来ないので気がついた）。
キーボードの方のctrlを押すと、一応解除されるのですが。
shiftについても同様の事が起こります。
altについては使ってないのでちょっとわからないです。

ちなみに環境はxp、使用マウスはMicrosoft Trackball Explorer
intelliPoint有です。