>たとえば、そのサイドボタンにctrl altなどを設定します。
>ＵＯでctrl＋zなどのマクロを組みます。
>どこでもホイールでctrl＋ホイールクリック→ctrl＋z　に設定します。
>すると、なぜか、ctrlがロックされてしまうのか、ファンクションキーなども機能しなくなります。

　「ctrl altなどを設定」というのはどう関係するのでしょうか？
　また、設定しただけでctrlがロックされてしまう様な表現ですがそうなのでしょうか？

　z を押すと ctrl z として見なされているのでしょうか？