すごく久しぶりですが QTClip を使ってみました。3.080βです。

で、設定の「ポップアップメニュー表示時はフォーカス保持」って、
なんか自分が期待とは違う動作になってて、このオプションは
はずしたほうがいいのかな、と思いました。

わせいさんの環境ではこのオプションはどうなっていますか。

解決しました。
powertoys の keyboard manager が原因でした。
結局、使わなくて、インストールしたことも忘れていたアプリ。
詳しいことは、あとで。
お騒がせしました。

追伸。
「ポップアップメニュー表示時はフォーカス保持」は、
こちらではオフになっています。

>powertoys の keyboard manager が原因でした。

なるほど、そういうこともあるんですね。

>インストールしたことも忘れていたアプリ。

そういうのはよくありますし、自分のメモだけが頼り、
なのですが、メモすることを忘れることもあります。

ともかく解決してよかったです。