同じフォントでも半角と全角ではベースラインがずれる現象は、うちでも出ています。特にシステム付属のビットマップフォントのズレがひどいです。ふだん表示に使ってるのは Font Gallery のフォントなのですが、これでもベースラインは 1 ドットずれています。このベースラインのずれは他のエディタでも同じように出ているので、Windows 2000 のほうの問題みたいですね。