>(1)わたしは従来からEMエディタを使っておりますがこの度QXエディタを新たに
>インストールしました。そこで質問ですが、QXエディタで保存した文書が
>EMエディタでしか開けないのですがどうしたことでしょうか?
>ＥＭエディタとＱＸエディタをそれぞれ別個に使っていきたいのですが、その使い分けの仕方を教えて下さい。

編集後の文書を再編集する際、エクスプローラ上からの「Ｅｎｔｅｒ」ｏｒ「ダブルクリック」
で選択していませんか？
その場合は「拡張子の関連付け」の問題かと推測します。

具体的には、ＱＸで保存時に拡張子を付けずに保存された場合に自動的に付加される拡張子
（これも設定可能です。「共通設定＞開く＞デフォルト拡張子」です）もしくは、
任意で設定された拡張子が、ＥＭエディタに関連付けされている拡張子と同じなのだと思います。

↓「拡張子」「関連付け」については、こちらのサイト様を御参照ください。

http://bayside.gtr.to/paso/

打開策としては、
関連付けの設定を変更する、デスクトップ上にＱＸエディタのアイコンを作成し、
編集ファイルを直接ドラッグ＆ドロップする、などがあるかと思います。

>(2)QXエディタの売りはなんといっても縦書きですが、
>縦書きに変更する際の切り替え方法を教えて下さい。
>何せ初心者につき変な質問をするかもしれませんがよろしくお願いします。

フォントを縦書きフォント（先頭に＠がついているフォント）にするか、
基本機能のモード変更を使用されると良いかと思います。

モード変更については、こちら↓の機能です。

http://0ban.com/araken/qxhelp/ModeTateYoko.htm