今回新たに、デスクトップ上にQXをダウンロードしてHTML専用のQXのアイコンを作りましたが、今までに使用していたQXが新たに設定したQXとが互いに干渉しあうのでしょうか？
HTML　専用のフォルダーの場所は　C:\QX\QXW32.EXE
今までのフォルダーは　　　　　　"C:\Program Files\EZMelt95\qxn67\QXW32.EXE"
新しいHTML専用のアイコンはQXのフォルダーと開き、qxw32.exeをドラッグ＆ドロップで作成
しました。
干渉らしきトラブル（？）は、今までのQX上で作成していたバインダーの中身のファイルがHTML専用のQX上に表示され、不要だったので、「書式設定で設定していた設定内容」を削除
しました。そして、従来のQX上で確認しますと、設定内容はすべて削除されて空になってしまいました。

私は、どちらかというと初心者にちかく、原因が自分にあると思うのですがよくわかりません。教えてください。

もう一度質問を整理しますと

（１）専用のHTML用QXと従来のQXはフォルダーが異なるのに何故、HTML専用の画面に従来の設定したものが表示されるのでしようか？HTML専用の中身は全く新しいと思うのですが。

OS: Windows ME
QX EDITOR のバージョンは両方とも同じです。

島田です。

>（１）専用のHTML用QXと従来のQXはフォルダーが異なるのに何故、HTML専用の画面に従来の設定したものが表示されるのでしようか？HTML専用の中身は全く新しいと思うのですが。

レジストリの情報を共有してしまっているからです。レジストリについては、
http://www.katch.ne.jp/~aok/contents/backup/00013.html
あたりが分かりやすいと思います。

通常ＱＸは、特に指定しない限り、各種データをレジストリの
HKEY_CURRENT_USER→Software→araken→QX
というキーの下にある「1」というキーに保存します。
このあたりは、ウィンドウズのスタートメニューの「ファイル名を指定して実行」
で regedit と打ち込んで、レジストリエディタを起動してやれば、目に見えます。
（ただし、レジストリエディタでレジストリの内容を書き換えるのは、
初心者の場合は危険です……見るだけなら、ぜんぜん構いません）

複数のＱＸを使い分ける場合は、「1」以外のキーを使ってやる必要があります。
最も手っ取り早い方法は、HTML 用ＱＸのショートカットのプロパティを開き、
リンク先を、C:\QX\QXW32.EXE -2 としてやって、起動するのです。
すると、レジストリの QX キーの下に、「1」と並んで「2」というキーが作成され、
以後、HTML 用ＱＸのデータはそちらに格納されますので、以前からのＱＸと
干渉し合うことにはなりません。
詳しくはＱＸのヘルプの「起動時のオプション」をお読み下さい。

しかし、実のところ、複数のＱＸを使い分けるのに、複数インストールする必要
はないのですよ。かぶねこさんのページの
http://homepage1.nifty.com/kabuneko/qx/qxeasy.htm
あたりを読むと、「キー定義ファイルとは」という説明がありますね。
この「キー定義ファイル」と「1」「2」……などのレジストリ番号を
別々に指定してやることで、同じ場所にある QXW32.EXE をあたかも別のＱＸの
ように扱うことが可能になるのです。
むしろファイル管理上は、そのようにした方がいいと思います。