通常、開いたファイルの改行コードに合わせて、新しく挿入される改行の種類が
自動的に決まると思うんですが、なるほど、Shift-JIS コードで LF 改行のファ
イルを開いて新しく改行を入れると CR+LF ですね。

ヘルプの改行関連のところをチェックしてみたところ、「改行の入力 ― カーソ
ル位置に改行（コード 0D 0A）を入力します。[ ... ] ファイルを EUC または
JIS コードで読み込んだときは、改行コードは 0A となります」という記述があ
りましたので、これは仕様なんじゃないでしょうか。

自動マクロでファイルを開いたときに改行のコードを判定して、その後の改行の
種類を指定することはできます。

proc AutoOpened
@ReturnCode = @TextCrReturnCode(@ScrLineToCrLine(@Line)) mod 3
end proc

たとえば上のような自動マクロで。上のはカーソル行の改行に種類を合わせてい
ます。mod 3 は現在行の改行が擬似改行だったとき普通の改行を指定するための
小技です。ほとんどそんな場合はないと思うのですが。