>QXで書いたメールをBecky2に渡すと、自動整形した箇所もBecky2で言うところの
>(実)改行になってしまうのですが、問題はないものでしょうか？

わたしは EdMax から外部エディタとして QX を使っていますが、やはり QX で
は整形改行（仮改行）なものが EdMax に戻ると確定した改行になります。

これはメーラーのほうに渡す時点でいったんファイルとして保存されて、それを
メーラーが開くのと理解しています。QX でのファイル名を見ると、メーラーが
作成した一時的なファイルが QX に渡され、それが返されるのがわかります。ア
プリケーション間でテキストをやりとりするのはファイルかクリップボードにな
ると思いますが、クリップボード経由ですと整形改行は「改行なし」になります
し。整形改行をどう扱っているのかはアプリケーションによって違い、「共通語」
ではないのかもしれませんね。

そういうわけで、これはこういうものなのだと思います。