「"」をコメントに指定したのですが、
Perlなどで、
print "<A href=\"#$HTML\">$NAME</A>\n";

みたいな表現が出来ません(^^;
\"をキーワードに登録しても駄目でした
なにか良い方法はありませんでしょうか？

Perl なんかですと、「テキスト種別」を「その他」にして「文字列」のところ
には「""\」と入れておくと「文字列」が途中で分断されなくなります。

これはどこかで araken さんが対処法として書いていた情報だと思います。ちょ
っと特定できないのですが、たぶんかなり前、メーリングリストで。

コメントのほうの指定では、この方法はうまくいかないようです。