>でも、メモ帳完全に使えなくしたくないという考えなんですが。。
>大丈夫なんでしょうか？

元のメモ帳はリネームされるだけですから、IEのソース表示だけＱＸを使うこともできます。
セットアップ直後は元のメモ帳を使う設定になっているはずですから、ソース表示部分だけＱＸを登録すればよいでしょう。

因みにIE6なら元々の機能で「編集ボタンへ任意のエディタを登録する」ことができます。ソース表示ではなく「編集」から起動するのでよいのであればこちらの方法もあるかと。
http://homepage2.nifty.com/winfaq/c/ietips.html#268

IE5系では勝手に登録されるアプリしか表示されませんが、別のソフトを使うことでＱＸを登録することも可能です。例としては下のようなものとか。
http://www.mars.dti.ne.jp/~suzunari/suz/suzsoft/ie5html2.htm

>見てもわからん。かと言ってテストで落とすわけにもいかないし…。
どんなものでも使ってみないと判らないような気がしますが……。