>3. 環境は OSがwin2000、IMEがMicrosoft IME win2000 です。

いつもは ATOK12 なんですが、Alt+Shift でちょいと IME 2000 （うちも
Windows 2000）に切り替えてみました。QX 上の未確定文字は、確定文字と同じ
フォント、かつ、同じサイズで表示されています。（あ、半角英語を入れるのは
IME 2000のほうが便利かも。）

どこが違うんでしょう。念のため表示フォントを変更してみたりしたんですが、
問題ないようです。