すみません、自己レスです。

>レジストリ２のQXが起動するのですが、いずれの場合もひな形の「書式設定」が読み込まれません。これはメーラーとの関係ではなく、起動時のオプションの使い方の問題だと思いますが、どのようにしたら、起動時に常に一定の書式が読み込まれるようになるのでしょうか？

拡張子をtmpにすることで、ひな形が読み込まれるようになりました。

>また、QXを終了することでメーラー側に文書が引き渡されるのですが、QX側のtempファイルがメールを作成するたびに溜まってしまいます。溜まらないようにする方法はあるのでしょうか？