こちらの環境では検証できないので、よくわからないのですが……。

>■ATOK2006を使用し、Qxにて縦書き表示で文字入力した場合、
>未確定文字が表示されません。
>　・以前、ATOK14で同様の不具合がありましたが、今回は少し事情が違います。
>　　　→なお、ATOK側のパッチで直った事情は知っています。

http://0ban.com/araken/qxhelp/troime.htm
にある、起動時のオプションで -Iatok10 を指定する、あるいはフォントを
別のものにする、という方法でも修正できない、ということでしょうか。

ATOK2006 はパッチが出ていないのでしょうか。そうなるとメーリングリストで
問題報告して、araken さんに何らかの対応をお願いするしかないと思います。
必ず解決するというわけではありませんが。

また、フォントについて、新しめのフォントでは、文字サイズや行間の判定が
ちょっとヘンになることがあるようです。