>現在のQX(6.7)フォルダーをそっくり別のハードディスクにコピーし
>ておき、現在のQXをアンインストールした後、新たに最新のQX(6.9)
>をインストールし、少しずつ旧設定ファイルを最新のQXフォルダー
>にコピーしようと考えています。

別のハードディスクにあっても、隣にあっても、あまり関係ないと思います。
http://homepage1.nifty.com/kabuneko/qx/qxintro1.htm の
「設定の基本ルール」を参照してください。

また、共通設定ダイアログの各ページにヘルプボタンがありますが、
ここからヘルプを順次読むか、ヘルプキットをダウンロードして
テキストファイルのヘルプに目を通すと設定関係がよくわかると思います。