>ホームページのソフトウェア一覧表のShare/Free欄にFreeと記載あるものはフリーウェアとして使用してかまわないでしょうか。

作者の araken さんに直接メールを出して確認するのが確実だと思いますが、
個人的にはフリーと書いてあって、「個人の場合のみ」という条件もついて
いないものなので、会社でもフリーで使えるものと思います。