>ここからどうすればいいのか途方に暮れています。

まず http://homepage1.nifty.com/kabuneko/qx/qxintro1.htm
を読んでみてください。あとは Google 検索で調べながら知識をつけて
ゆくのがよいと思います。

検索をしてもＱＸエディタ特定の情報は残念ながら多くはありません。
が、パソコンの知識があればわかる部分がほとんどです。まずは
パソコンの一般知識を増やしてください。

何かわからないことがあったら、そのつどその単語で Google 検索します。
検索して出てきたページでまたわからないことがあれば、それも検索します。

>縦書きで40字×1000〜2000行にしたいのですが

行は関係ありません。縦書きにするにはフォントの選択で「＠」のついている
ものを選ぶか、行頭にカーソルを持っていって矢印が反対側を向くところで
右クリックするとメニューが出ますので、そこから「縦横切替え」します。
ステータスバーやステータスライン上での右クリックでも、「行番号/整形」
のサブメニューから同じように切替えができます。

>パソコンを閉じるその都度に
>上書き保存をすれば大丈夫ですか？

上書き保存はしょっちゅう行ったほうがよいと思います。

>テキスト形式にしたいので拡張子はTXTですよね？

テキストエディタで作成したファイルは、拡張子がなんであれ、すべて
テキストファイルです。拡張子を関連づけに使いたい場合は、特定の
拡張子を使います。

>本当にこんな質問でごめんなさい。

検索に慣れるとパソコンはたいへん便利になりますので、ぜひがんばって
検索してください。