英辞郎のインデックス作成のソートエラーの問題については、
http://www5f.biglobe.ne.jp/~paradance/index.htm
にある「英辞郎辞書ソートツール」を試してみてください。

ほかに単純なソートミスが混じっている場合がありますが、少なければ
無視するか手作業で順序を入れ替えれば対応できると思います。