英辞郎のインデックス作成のソートエラーの問題については、http://www5f.biglobe.ne.jp/~paradance/index.htmにある「英辞郎辞書ソートツール」を試してみてください。ほかに単純なソートミスが混じっている場合がありますが、少なければ無視するか手作業で順序を入れ替えれば対応できると思います。