印刷書式の保存は「印刷ダイアログ」内で「書式メニュー」から行ないます。
「保存」と「保存(file)」は、前者はレジストリに保存されて次回起動時にも
有効ですが、後者はファイルへのエクスポートになります。読み込んでそれを
どこかの番号に「保存」しなおさないと内部から使えません。

ですから、通常は「保存(S)」のほうです。この (S) はキーボードショートカットで
Alt との組み合わせでマウスなしで操作するためのものです。

「保存」を選ぶと 1 から 10 までの番号リストになりますが、ここで適当な
番号を選んで OK ボタンを押すと、その書式に名前をつけるダイアログが出ます。
名前をつけて OK を押すと保存されます。で、この保存された書式は、
QX を起動しなおした場合、再度印刷ダイアログから指定しないと以前の状態に
戻らないので、書式が消えたように見えることがあります。

印刷ダイアログ周辺は書式の選択などが面倒なので、そのへんについては
わたしのサイトの「QX お手軽プロジェクト」にある設定ファイルや付属マクロ
を使ってみてください。付属マクロに「書式を選んで印刷ダイアログへ」いく
マクロが入っています。必要な部分だけどうぞ。
http://homepage1.nifty.com/kabuneko/qx/qxeasy.htm