NSP さんが扱っているファイルが、どういったものなのか、ちょっとわからないので、
当てずっぽうになりますが、内容がテキストファイルであるなら、文字化けの原因は
「文字コードが違う」ことです。

QX エディタでは基本的に Shift JIS、JIS、EUC の文字コードを扱います。
さらに日本語領域にかぎり Unicode も扱えます。どのコードで書かれたファイル
なのかを判断するのに、QX はファイルの先頭を読みとって、その内容で分類する
ようです。現在開いているファイルを QX がどの文字コードで編集しているのか、は、
ステータスライン（編集画面の上の方の、行桁表示などがあるところ）に表示され
ます。ファイルサイズの KB のあとに 4 桁の数字があります。これが 2 バイト単位
での、カーソル位置の文字コードです。その 4 桁の数字のあとに s とついていれば
Shift JIS モードです。このほかに j、e、u があるわけです。

QX で開いて文字化けしてしまった場合、そのファイルだけ冒頭の文字がちょっと
変則で、違う文字コードで開いてしまった、ということがあります。その場合、
「開く」ダイアログから「コード」のドロップダウンリストから文字コードを指定
して、開き直します。

QX で編集できるファイルサイズは、とくに上限はないと思います。少なくとも
数十メガバイトは平気で編集した経験があります。（パソコンのほうのメモリと
テンポラリファイルを作る場所の空きが必要ですが。）

（長くなるので印刷書式の話題は別投稿としました。）

印刷書式の保存は「印刷ダイアログ」内で「書式メニュー」から行ないます。
「保存」と「保存(file)」は、前者はレジストリに保存されて次回起動時にも
有効ですが、後者はファイルへのエクスポートになります。読み込んでそれを
どこかの番号に「保存」しなおさないと内部から使えません。

ですから、通常は「保存(S)」のほうです。この (S) はキーボードショートカットで
Alt との組み合わせでマウスなしで操作するためのものです。

「保存」を選ぶと 1 から 10 までの番号リストになりますが、ここで適当な
番号を選んで OK ボタンを押すと、その書式に名前をつけるダイアログが出ます。
名前をつけて OK を押すと保存されます。で、この保存された書式は、
QX を起動しなおした場合、再度印刷ダイアログから指定しないと以前の状態に
戻らないので、書式が消えたように見えることがあります。

印刷ダイアログ周辺は書式の選択などが面倒なので、そのへんについては
わたしのサイトの「QX お手軽プロジェクト」にある設定ファイルや付属マクロ
を使ってみてください。付属マクロに「書式を選んで印刷ダイアログへ」いく
マクロが入っています。必要な部分だけどうぞ。
http://homepage1.nifty.com/kabuneko/qx/qxeasy.htm

かぶねこさん、いろいろ懇切な御回答有難う御座いました。
御蔭様で、何とか印刷書式を保存できた様です。
　
私が扱っているファイルは、私が開発した冷暖房負荷計算システムの計算結果です。
Win.95 や Win.98 では、N201 エミュレーション・モード、又は、ESC/P エミュレーション・モードを用いて、プログラム実行と同時に直接プリンターに出力していたのですが、Win.2000 では、PRINT.SYS や、JPRINTER.SYS が使えないので、一度、ファイルに出力し、それを読み込んで出力できるエディターを探していたところ、MICROSOFT のサポーターから、QX editor を紹介されたので、早速導入したものです。
　
ところで、今一つ、最後の、質問ですが、
フッターにページが出力されますが、出力させない方法が有れば、教えて下さい。
　

表示行番号は @Line がありますが、論理行番号ではこれと同じようなものが
あるのでしょうか？
マクロヘルプで探したのですがわかりません。

ホシ

お邪魔します。

>フッターにページが出力されますが、出力させない方法が有れば、教えて下さい。
　印刷欄（ctrl＋Ｐ）の中に，余白の設定コーナーがあると思います。
　その中の，「ヘッダ」ボタンを押して，ヘッダ・フッダ設定を「なし」にすればよいと思います。

>表示行番号は @Line がありますが、論理行番号ではこれと同じようなものが
>あるのでしょうか？

論理行用で同等のものがないので、@CrLineToScrLine と @ScrLineToCrLine
で変換をかけながら @Line を使います。
（わたしが知ってるのはこの方法だけです。）

補足です。QX エディタの基本機能に「指定行にジャンプ」がありますが、
これはダイアログを提示します。論理行と表示行の切り替えがあります。

ダイアログをマクロで制御することも可能です。sendkey 関係です。
実際の制御はやってみないとわからないので、ここでは割愛します。

フッターの問題は nishy さんの回答にあるとおりです。

>MICROSOFT のサポーターから、QX editor を紹介されたので、早速導入したものです。

サポーターって「サポート担当」のことですよね。へえ〜。
マイクロソフト推奨エディタになってるのか、その担当者個人のおすすめなのか
よくわかりませんが、ともかくちょっとうれしいですね。

かぶねこさん、どうもです。
論理行番号に該当するものはないようですね。

>論理行用で同等のものがないので、@CrLineToScrLine と @ScrLineToCrLine
これを使用して、問題なくマクロが作れました。
それにしてもＱＸのマクロは多機能で、何でも出来るって感じですね。

nishy さん、かぶねこさん、ご回答有難う御座いました。
　
今後とも、よろしくお願いします。