違いがある行にカーソルがあるかぎり、その先には移動しません。新しく比較を始めたい行まで、表のファイルと裏のファイル両方で、手動で移動すると、またそこから比較が始まります。内容が両方のファイルで同じ行から再開するわけです。ファイル丸ごと、あるいはフォルダ丸ごとの比較でしたら、DF というツールが便利みたいです。http://www.vector.co.jp/magazine/softnews/011212/n0112123.html