>QTClip は以前のバージョンから使っていて、今は 2.5 を使用しています。
>以前のバージョンでは起きなかったのですが、
>コンテクストメニューから操作すると、IMEの入力文字が、
>「タスクトレイの表示にかかわらず」全角英数になってしまいます。
>いちいち、半角/全角キーでもういちど日本語入力にして使っています。
>そのまま打つと、途中から英字に。。。
>IME は ATOK12 かな入力 で使っています。

　Windows が悪いのか、IME が悪いのかよくわからないのですが、このような現象が起こることがあります。次のバージョンでは v2.5以前のモードも選べるようにして対処しようかと思います。