arakenさん、ありがとうございます

>　ディレクトリ構造が乱れている場合は、他のディレクトリにコピーして、そちらを検索させると、改善する場合がありますが...

試してみます

>　ところで、エクスプローラでの参照はどの程度の時間がかかったのでしょうか。
>
WIN2000の方はやはり時間がかかりました。
約四分でした。