>〜ない。という文を検索したいのですがうまくいきません。
>ない。の前に。、を含まない文のみを検索したいのです。
>[~、。]*ない。→と、いうふうに検索文字列を入力しました。

除外するには ^ です。あと、１つは必ず句読点以外の文字がくると
いうことであれば + を使うほうがいいのではないでしょうか。そう
いうわけで、

[^、。]+ない。

で検索してみてください。