>>　試しに、96000 個のファイル(16フォルダ、合計350メガバイト）を作ってみましたが、FAT32 で５分くらい、NTFS で６分くらいでした(NTFS の方が遅いドライブなので、たぶん同程度の検索時間です)。
>
>これは、ディレクトリ検索だけの時間でしょうか、
>それとも検索全てにかかる時間でしょうか？

　検索すべてです。
　ディレクトリ検索だけの時間であれば、FAT32で数秒、NTFSは数十秒といったところです。


>>　ディレクトリ検索だけで10分はかかりすぎです。エクスプローラでそのフォルダを見るのにどのくらい時間がかかるでしょうか？
>
>WIN2000は今手元にないので（帰った後に試してみます）、
>WIN98の方ですがフォルダを見るのに五秒もかかりません。
>
>ちなみに、CPUの性能はあまり関係ないのでしょうか？

　関係なくもないのですが、消費時間の半分はディスクからの読み込み時間のようなので、ディスクの速度も関係あります。