かぶねこさん
貴重な情報ありがとうございます。
教えていただいた本を購入して併用を検討してみます。

arakenさん
ありがとうございます

>　試しに、96000 個のファイル(16フォルダ、合計350メガバイト）を作ってみましたが、FAT32 で５分くらい、NTFS で６分くらいでした(NTFS の方が遅いドライブなので、たぶん同程度の検索時間です)。

これは、ディレクトリ検索だけの時間でしょうか、
それとも検索全てにかかる時間でしょうか？

>　ディレクトリ検索だけで10分はかかりすぎです。エクスプローラでそのフォルダを見るのにどのくらい時間がかかるでしょうか？

WIN2000は今手元にないので（帰った後に試してみます）、
WIN98の方ですがフォルダを見るのに五秒もかかりません。

ちなみに、CPUの性能はあまり関係ないのでしょうか？

私も、もう少しテストしてみようと思います。
（ＣＤ−Ｒに焼いたものを検索したり、違うパソコンで時間を計測したりしてみようかと思います）。

また、アドバイスお願いいたします。