>ちなみに、８万のファイルは３０ほどのサブホルダーに入れてあります。
>また、すべてがOCRで読み取ったテキストファイルです（ひとつは３KBほど）。
>検索の対象はWIN98のものとWIN2000のもので全く同じ環境にしてあります。

　試しに、96000 個のファイル(16フォルダ、合計350メガバイト）を作ってみましたが、FAT32 で５分くらい、NTFS で６分くらいでした(NTFS の方が遅いドライブなので、たぶん同程度の検索時間です)。
　ディレクトリ検索だけで10分はかかりすぎです。エクスプローラでそのフォルダを見るのにどのくらい時間がかかるでしょうか？