すごく久しぶりですが QTClip を使ってみました。3.080βです。

で、設定の「ポップアップメニュー表示時はフォーカス保持」って、
なんか自分が期待とは違う動作になってて、このオプションは
はずしたほうがいいのかな、と思いました。

わせいさんの環境ではこのオプションはどうなっていますか。