うちでデフォルトのキー定義ファイルを読み込んでチェックしてみたところ、
「縦に並べて表示」ならちゃんと縦に（上と下に）並びます。Ywei さんはどの
キー定義ファイルをお使いですか。

それともそういう話ではなくて、「ツールバー設定」のダイアログ内で何かヘン
なことが起こっているのでしょうか。