URL をクリック（あるいはダブルクリック）したときの動作は、マクロフォルダ
にある QACLICK.MAC によって実行されています。このファイルの末尾に
sub GoHomePage(htmlfile$) という部分があり、この中の
call shell("start "+htmlfile$) という行でブラウザを呼んでいます。

ここを書き換えることで好きなアプリケーションに URL を渡すことができます。
たとえば、

call shell("C:\Program Files\Internet Explorer\iexplore.exe "+ htmlfile$,1)

と書くと HTML ファイルの関連づけがどうなっていても IE が起動します。