「起動オプション -W をつけている場合に、履歴が復元されないことがある」と
いうまとめかたでいいんでしょうか。

QTClip 専用の会議室がありますので、症状が続いて原因不明のままであれば、
こういう問題が出ていると報告してみてはいかがでしょうか。
http://0ban.com/forum/list.cgi の６番です。