>１．パソコンの起動とういのは、前回「シャットダウン」したあとの「起動」で、
> スリープやサスペンドのあとの「復帰」がまじっていたりすることはありま
> せんよね？
はい、そうです。シャットダウン後の起動です。

>２．QTClip の起動オプションに、-Wn をつけて、たまったクリップボード履歴
> を保存するという設定がありますが、これを使ってなくても起きる現象なん
> ですね？
あら不思議。自分でそんなオプションをつけた覚えはありませんでしたが、
ショートカットのプロパティのリンク先のおしりのところに、
-ｗ50　という文字が入っていました！

実は最近パソコンを買い換えたので（WinXP)、QTClip も新しくインストール
し直したんです。わけもわからず試行錯誤しながら設定したので、
知らないうちに、どこかをいじっていたのかもしれません。
ちなみに古いパソコンのQTclipではこのオプションがついていなかったので、
古いパソコンでは起動のたびに、履歴ウインドウはまっさらになっていたんですね。

それにしても、履歴が表示される時とされない時があるという謎は謎のまま……