>「その他」を開くと「Alt f6」になっていて，キー定義でもそうなって
>います．

うちの環境で試しに「キーマクロの実行」のキーの割当てを「Alt+F6」に変更し
てみたのですが、このキーでも他のキーと変わりなく実行できました。あとは何
か常駐ツールがこのキーを横取りしている、とか、そんな可能性ぐらいしか思い
つきません。

英数文字キーでもツーストロークにする必要はないので、たとえば Ctrl+0 （ゼ
ロ）なんかもデフォルトでは空いていますから、そういうのに割り当ててみる、
というのはいかがでしょうか。

>確かに「Alt」きーを押すと，ｆ６のところに「KM実行」のような
>文字が表示されるのですが，

これはキーについてのヘルプ機能のようなものなので、これが表示されていても
次に F6 を押したときに QX がキーを受け取っているかどうか、確実ではないと
思います。岩熊さんの環境では、他のファンクションキーと Alt の組合せも全
部ダメなのでしょうか。