>バックアップを取る設定にすると
>指定したフォルダと、元ファイルがあるフォルダ両方にバックアップをとってしまいます。
>これって仕様ですか？

間違えました。
指定したフォルダにバックアップをとってくれない、ということです。
元ファイルの場所にバックアップファイルができます。