>　なんどCTRL+zで登録してもCTRL+Zとなってしまい、実際にCaps Lockをかけて大文字状態にすると、キーが効く、という状態です。

キー設定ではシフトキー押し下げ状態は明示的に、キー変更ダイアログでは SHIFT
のところにチェックが入り、キー定義一覧では、Shift+Ctrl+Z なら「SC Z」と
なるはずです。

キー定義一覧ではどうなっていますでしょうか。キー定義設定ダイアログで
小文字が入力できないのは、普通です。問題ありません。シフトはシフトの項目に
チェックして指定しますので。

普通にテキスト入力したときは、ちゃんと小文字で入力できる状態
（どこかでシフトが常時オンになっていたりはしない状態）でも、ヘンでしょうか。

わたしはたまに、SKEY を使っていて、そっちでシフト押し下げしたままなのを
忘れて、キーボードからの入力が全部シフト状態なのはなんでだろ、状態になります。