>>設定はどこに保存するようになっていますか。
>
>●ＱＸ本体は「マイコンピュータ」の「ハードディスクドライブ」に保存されています。

普通はすべてのファイル（アプリケーションを含む）がハードディスクドライブに
あるわけで、あまりにも漠然としています。パソコンで「どこ」と言うと、
「パス」になります。Path です。道筋ですね。たとえば、d:\editors\qx\
といったものです。エクスプローラのオプションでパスを表示しておくように
設定するとよいと思います。

>●setup.exeは実行済みです。

それがうまくいっていない可能性があります。また、どのタイミングで setup を
したのかということも重要です。ＱＸの設定をした後で他のアプリケーションを
導入すると、後で設定したほうが優先されてしまいます。

もう一度 setup.exe を実行して、特定の拡張子と「関連づけ」をしなおすと
よいと思います。また、「.genkou」については、手作業で関連づけをしないと
ダブルクリックでＱＸが起動するようにはならないので、そのファイルを
右クリックして、右クリックメニューから「プロパティ」を開き、
「アプリケーション」の右の「変更」ボタンから開くのに使用する
アプリケーションをＱＸエディタに変更します。

>エクスプローラの設定で拡張子の表示がオフになっていないか
>>確認してみてください。フォルダオプションの表示関係です。
>
>●これ、探してみたのですが、どこに表示されているのかわかりませんでした。

ツールメニューのフォルダオプションから「表示」タブを選択します。
たとえば「マイドキュメント」フォルダを開くと、その状態がすでにエクスプローラの
画面ですから、そのメニューから探してみてください。

Windows の設定については、ウェブで検索するといろいろと解説サイトが
ありますので、かなり参考になると思います。

現在ＱＸがインストールされているフォルダを変更したい、というのでなければ、
ＱＸを再インストールする必要はありません。ＱＸフォルダの setup.exe の
再実行か、上記のファイルのプロパティからアプリケーションとの関連づけを
ＱＸに変更するだけで大丈夫だと思います。