>原稿用紙区切りが表示されなくなってしまいました。

「原稿用紙区切り」についても色指定がありますので、背景色以外になっている
ことを確認してください。

また、色の指定は「共通設定」での設定に「書式設定」での設定を上書きする
形になります。意図していない項目で書式設定の色指定が有効になっていないか
（「色」にチェックが入っていないか）も確認してみてください。