>共通設定をprogramファイルに保存したいのですが、

これは QXW32.EXE のあるフォルダ（ディレクトリ）に INI ファイルとして保存
したい、という意味である、と解釈して解説します。

>共通設定の設定保存でレジストリ番号を0に設定しても
>PC再起動後にはレジストリに保存されてしまいます。

「共通設定」でレジストリ番号を０にして終了することで何ができるかというと、
現在レジストリにある設定情報をＱＸ本体のあるフォルダに、プロファイル（共
通設定の内容）は QXW$$$.INI、書式設定は QXWM$$$.INI というファイルとして
「書き出す」という作業が実行できます。

ＱＸのレジストリ番号０というのは起動には使えません。INI ファイルを指定し
て読み込んで起動するためには、

１．書き出された２つの INI ファイルの名前の「$$$」（一時的なファイルとい
う意味がある）をたとえば「001」などに変更する。
２．この２つの INI ファイルを「起動オプション」で指定してＱＸを起動する。

という手順が必要です。起動オプションは「ショートカット」のプロパティの
「リンク」のところに指定します。こんな感じ。

「D:\Qx\Qxw32.exe -Q -FD:\QX\QXWM001.INI -PD:\QX\QXW001.INI」

また、１番以外のレジストリ設定を使って起動するには、起動オプションでこの
番号を指定する必要があります。「ヘルプ」の「起動オプション」の項を参照し
てください。

この説明では不足でしたら、また質問してください。