>「検索コンボ」に検索した文字が残ってしまいますが、この履歴を
>消す方法がわかりません？、アドバイスお願いできませんでしょうか。

消す方法はないと思います。普通は履歴を消す必要もないのでは。
どうしても消したい場合、設定の書き出しをレジストリではなく設定ファイルに
変更して、そのどこかにある履歴データを編集すれば消えるとは思います。
……ということはレジストリのその箇所を編集してもいいのですが、
ちょっと危険ですし。

>また、検索文字の強調は、１個づづたどって強調(検索)になりますが、
>画面にある検索文字を全て強調表示にできると好みに合うんですが、
>このようなマクロとか設定とかはできないものでしょうか？

キーワードファイルに文字列を追加して、このキーワードファイルについて
ＱＸエディタ内からリセットをかけると、この文字列が強調表示できます。
この手順をマクロ化すればマクロにもなると思います。

マクロ作成についてはここでは基本的に扱っていませんので、
ＱＸメーリングリストかマクロメーリングリストで相談してみてください。